O Boletim do Museu Paraense Emílio Goeldi. Ciências Naturais é originário do antigo “Boletim do Museu Paraense de História Natural e Ethnographia”, criado em 1894. Sua trajetória centenária confunde-se com a constituição do campo científico no Brasil, que ajudou a formar e consolidar. Ela pode ser desmembrada em seis fases.

A primeira corresponde ao período 1894-1914, quando foram publicados oito volumes, sem periodicidade. Esses volumes divulgaram, sobretudo, a produção científica de uma fértil equipe de naturalistas, liderada pelo zoólogo suíço Emílio Goeldi (1859-1917) e pelo botânico suíço Jacques Huber (1864-1914). Nos seus vinte primeiros anos, o Boletim ganhou fama internacional por divulgar – em quantidade e qualidade sem precedentes – informações científicas sobre a Amazônia.

A segunda fase pode ser caracterizada pelas tentativas de restabelecer a circulação do Boletim entre 1933 e 1956, após uma longa interrupção causada pela falta de investimentos públicos. Nesse período, apenas quatro volumes foram publicados.

A terceira fase teve início na segunda metade da década de 1950, quando o Conselho Nacional de Pesquisas (atual Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq), através do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), passou a administrar o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG). Entre 1957 e 1983, foram publicados dezenas de fascículos avulsos do Boletim, sem periodicidade, desmembrados em quatro séries: Antropologia, Zoologia, Botânica e Geologia.

A quarta fase teve início em 1984, quando o MPEG passou a ser administrado diretamente pelo CNPq. Com mais autonomia administrativa e recursos, o MPEG promoveu nova reformulação editorial e gráfica no Boletim. Foram mantidas três séries, Antropologia (ISSN 0522-7291), Zoologia (ISSN 0077-2232) e Botânica (ISSN 0077-2216), acrescidas de uma quarta, em 1989, intitulada Ciências da Terra (ISSN 0103-4278). Com exceção desta última, de circulação anual, foi estipulada uma periodicidade semestral para cada uma das séries. Também foram criados um Conselho Científico e uma Comissão de Editoração, responsável pela produção do Boletim. Regras para submissão de trabalhos tornaram-se mais claras, bem como foi ampliado o programa de permuta do Boletim, diversificando o acervo de periódicos da Biblioteca do Museu.

Entre 2002 e 2005, há um interstício em que o Boletim deixou de ser publicado. Em 2005, em função da necessidade de incentivo à multidisciplinaridade e de otimização de recursos orçamentários nas instituições brasileiras de C&T, foi promovida nova reformulação gráfica e editorial no Boletim. A partir de então, o periódico passou a circular em apenas duas séries, Ciências Humanas (ISSN 1807-5398) e Ciências Naturais (ISSN 1807-5401).

Contudo, ambas guardavam características de uma publicação seriada, sobretudo no título e na periodicidade irregular. Essa foi a razão para que, em 2006, com o auxílio da Fundação Biblioteca Nacional e da Biblioteca Virtual em Saúde do Instituto Evandro Chagas, o título sofresse uma adequação, passando para Boletim do Museu Paraense Emílio Goeldi. Ciências Humanas (ISSN 1981- 8122) e Boletim do Museu Paraense Emílio Goeldi. Ciências Naturais (ISSN 1981-8114) – títulos e ISSN válidos atualmente. Na fase atual, um núcleo de trabalho foi especialmente organizado com os objetivos de proceder às reformas editoriais pertinentes e reconduzir a publicação a um referencial adequado de um periódico de ciência.

Desde 2006, foi renovado e ampliado o grupo de editores responsáveis (Científico e Associados), com inclusão de pesquisadores de outras instituições brasileiras e estrangeiras; também foi renovado o Conselho Científico, reunindo cientistas brasileiros e estrangeiros de reconhecida competência; a Política Editorial foi revisada, bem como as instruções para submissão de artigos, o processo de normalização, o projeto gráfico e o sistema de permuta e distribuição; foi elaborado site para a disponibilização integral e gratuita dos conteúdos publicados; houve forte diversificação geográfica e institucional dos autores; e a indexação foi ampliada, atualizando os antigos indexadores (CAB Abstracts, IBSS, Zoological Records) e inserindo a revista em novas bases, como Latindex.